胃腸炎の原因となる病原体には大きくわけて2つ、ウイルスと細菌があります。ウイルスではロタ、アデノ、ノロウイルスやSRV(小型球形ウイルス)などが有名ですが、便の中のウイルスが口に入ってうつる経口感染だけでなく、のどにいるウイルスの飛沫感染もあり、伝染力が強いです。

　他方、細菌にはキャンピロバクターやサルモネラ、病原性大腸菌、腸炎ビブリオ、エルシニア、ブドウ球菌、ボツリヌス菌などがあり、汚染された食品や水のなかの菌そのものが胃腸で増殖したり、産生された毒素により症状をおこしてきます。原因により治療方針がちがってきますし、排菌が続いていると下痢がよくなっても登園、登校が禁止されることがあります。食事の前にはよく手を洗い、鶏肉や卵、牛肉などは特に加熱を十分にしましょう。